吐峪沟的昨天
史书记载，吐峪沟的石窟造像最早出现在晋、十六国时期，沮渠氏家族称王吐鲁番时，即公元443年至450年之间，当地佛教石窟造像盛极一时。南北朝时期，这里是高昌王国统治者最为重视的佛教重地。唐代文献《西州图经》里曾对吐峪沟繁荣有过生动的描述：佛塔高耸入云，横跨沟谷东西的桥梁如彩虹卧波。
吐峪沟佛教遭遇第一次劫难是在元末明初，佛教寺庙洞窟被大面积破坏。1904年，德国人勒柯克来到吐峪沟，他找到了一间封闭的石窟密室，发现了不少唐代的佛教典籍，将它们连同在柏孜克里发掘出的文物装满了二百多箱，和其他一些“惊人的刺绣”，一并运回了柏林。日本人横瑞超和野村荣三郎也在吐峪沟“收获颇丰”。英国人斯坦因几次来新疆探险，同样没有放过吐峪沟。
1916年，吐鲁番地区发生大地震，三分之二的吐峪沟石窟顷刻间灰飞烟灭，被永远深埋在岁月的尘埃中。
新中国成立后，国家曾在1952年、1961年两次组织专家到吐峪沟考察，随后实施了维修、加固、看管等一系列保护措施，但未进行过发掘。只因考古界有个不成文的共识：如果保护技术跟不上，让文物保持原态反而有利于保护。
但近年来，由于地质、气候等多方面的原因，吐峪沟石窟寺遗址损毁严重。为配合丝绸之路（新疆段）申遗和危岩加固工程，经国家文物局批准，中国社会科学院考古研究所、吐鲁番学研究院、龟兹石窟研究院组成联合考古队，于2010年春、秋季和2011年春季，对吐峪沟石窟进行了保护性发掘。
吐峪沟的今天
让考古专家没有想到的是，虽然吐峪沟经历了多次磨难，遭受到无数次浩劫，但剩余的石窟大多数未被触动过。
据吐鲁番地区文物局有关人员介绍，2010年春季发掘的区域为沟东区北部石窟群和一处地面佛寺；秋季发掘区域为沟西区北部；2011年春季发掘区域主要集中在沟西北区。发掘面积超过3000平方米，新发现壁画面积200多平方米。
以往有人认为，佛教石窟是一种孤立的建筑存在，就是挖个洞，在洞里绘些佛教壁画或塑些塑像而已。此次发掘发现，石窟是当时所建寺院的一个重要组成部分。后来寺院被毁，留下了洞窟。
在沟东区北部窟群遗址发掘中，考古人员清理洞窟56处，包括礼拜窟、禅窟、僧房窟，以及其他配套生活设施等。最重要的发现是一处塔殿遗址。在多处洞窟前还清理出门道、台阶等重要遗迹，并发现多处洞窟改建、维修等迹象。
在沟西北部发掘的一组石窟中，在一僧房窟壁上，考古人员发现了一处目前已知面积最大的回鹘文题记。
最让考古人员感到兴奋的是，此次考古发掘中，他们发现了200多平方米的壁画和数以千计的文书残片。据参加发掘的考古人员介绍，这些壁画非常精美，风格与河西、于阗等地明显不同，显示出较早的时代特征。壁画题材也是前所未见，具有较强的地域特色，尤其是一排十个的立像及立像中间加壁合龛等，都是罕见的发现。
在出土的文书中，包括汉文、粟特文、藏文、回鹘文、婆罗迷文等多种文字。有佛经写本、世俗文书和古书注本等。部分文书保存完整，带有卷轴，并有纪年题记。从文书字体的风格上看，最早的为公元四五世纪。
此外，绢画、木器、陶器、雕塑、文具等生活用品的出土，也为研究吐峪沟提供了第一手资料。
吐峪沟石窟的发掘，是近年来中国石窟寺考古的最重要成果，因为还没有一个石窟寺出土如此多的文物，解决这么多学术问题。因此，吐峪沟石窟遗址亦当选中国社会科学院公布的“2010年中国六大考古新发现”。
吐峪沟的明天
千年的岁月已经给这里带来了严重的损毁，加上水毁、地震、人为的破坏，还有石窟寺自身的石质等问题，吐峪沟石窟寺的保护迫在眉睫。
5月底，由中国社会科学院考古研究所、新疆维吾尔自治区文化厅、自治区文物局、吐鲁番地区文物局、龟兹研究院等单位联合举办的“丝路遗产——吐峪沟石窟寺遗址保护筹划会”在吐鲁番隆重召开。来自国家文物局、中国社会科学院、北京大学文博学院的专家学者齐聚吐鲁番，实地考察了发掘现场后，纷纷为吐峪沟石窟寺遗址的保护建言献策。
根据以往我国考古发掘的经验，专家学者建议应尽早采取物理方法保护石窟寺遗址。与会专家学者还形成了一份“丝路遗产——吐峪沟石窟寺遗址保护筹划会”的倡议书，呼吁各级文物主管部门、地方政府给予千年吐峪沟石窟寺更多的关心，共同保护好这一珍贵的丝路遗产。由于吐峪沟石窟寺遗址包含吐峪沟石窟、苏贝希石窟、苏贝希墓地、霍加木麻扎、古代民居，以及祆教、摩尼教遗迹和墓葬，内容丰富，专家学者们建议，将这些文物单位进行统一科学规划管理。希望在不久的将来，这些建议都能被很好地采用，让千年吐峪沟石窟寺能够得到精心的呵护。
