葛剑雄目睹了一些大学从清水衙门变成腐败案发之地。身为全国政协委员、复旦大学图书馆馆长，他在3月3日接受中国青年报、中青在线及搜狐网联合访谈时总结说：钱少的时候，想腐败也难以腐败起来；然而钱多了，制度却没有跟上来，这导致大学经济腐败的问题屡屡曝光。
关于清水衙门的记忆是这样的：葛剑雄曾在复旦大学中国历史地理研究所当过11年所长，据他回忆称，第一年当所长时，归他支配的只有8000元钱。每年，他给每个教授分300元，每个副教授及以下的职员分250元，手里就只剩下五六百元了。
而现在却不一样了，他说，复旦大学图书馆每年的日常经费都在100万元以上。“民众都把高校看成一个不应该腐败的地方，”葛剑雄说，“但痛苦的事实是，高校早已不是象牙塔或世外桃源。”
2月17日，武汉大学原常务副校长陈昭方和原常务副书记龙小乐腐败案，由法院作出一审判决，两人分别以受贿罪被判有期徒刑12年和10年。而类似的校级领导因经济问题落马案件，近年在全国多所高校都出现过。2008年，南京工业大学副研究员孙义做过一项高校基建腐败调查，收集的样本达100份，其中，涉及校级及学校部门“一把手”的案例有75个。
葛剑雄尝试为这些腐败找到病因。他发现，相关制度很不完备，比如，在图书馆，500元钱以下的书可能就不会入账，发票也不到图书馆登记，“这些不规范运作极易诱发犯罪，甚至逼你犯罪”。
葛剑雄说，他当馆长的时候，有人告诉他，复旦大学图书馆每年花几千万元买书，会有几百万元的回扣，这个回扣不给馆长，而是交到学校，然后再由学校给图书馆发奖金。“我说这不行，这样的话，我没几天就要犯罪了，非取消不可。买书该多少钱，按折扣完的实际价格算，不要价格虚高后再给回扣。同时，学校要保证图书馆正常的薪酬。”
葛剑雄说，在他的坚持下，复旦大学图书馆改变了这一“潜规则”，“这么一来，我解脱了”。
他说，类似的例子还有很多，比如，高校里的学院搞创收，设立小金库，这是腐败高发处。另一个例子是“红包”现象。在陈昭方案中，这种校内部门的“另类进贡”，金额累积起来颇为可观，“正常的制度不能解决的问题，通过潜规则就打开了腐败之门” 。
与葛剑雄一同接受访谈的全国人大代表周洪宇评价认为：“权力过大，制约过小，高校内部的财务管理像个自成一体的小社会。”
这名华中师范大学的教授认为，高校相应的管理监督制度并不少，但往往流于形式。因此，好的制度必须有可操作的程序作保障，否则，再好的制度也难落到实处。
他举例说，有规定要求两个一把手要绝对回避基建项目，“但他们该怎么回避呢，出了事还是他们负责。怎么做到既负责，又不直接插手项目，还要了解项目的运行过程？这就是程序可操作性的问题”。
周洪宇认为，高校要预防腐败，就得做到公开、透明、决策民主，让师生员工能真正起到监督作用，这远比简单的上级检查或同级监督更有效。他注意到，阳光高考这一举措推行后，高校招生领域的黑幕操作比以前难多了，因为阳光就是最好的防腐剂。
葛剑雄就是“公开”的实践者。2010年，他把复旦大学图书馆的开支统统公布在网络上，甚至连招待费都公布出来。“去年一年招待费大概花了6万多元钱，包括单位进餐等都在里面，”葛剑雄说，“很多人劝我不要公布，我说没什么不能公开的，我一公开，其他单位压力就大了。”
“其实大家都应该公开，你该接待就接待，该花钱就花钱。正常的开销不能公开，就会有更加惊人的情况，”葛剑雄说，“有什么怕公开的呢？”（记者 叶铁桥）
