美国政府1日确认“基地”组织头号头目乌萨马·本·拉丹遭击毙。以下是“9·11”恐怖袭击以来遭击毙或逮捕的“基地”重要头目：
2002年3月28日，“基地”军事指挥官、本·拉丹的接班人阿布·祖贝达在巴基斯坦遭逮捕。
同年10月，“基地”海湾地区最高指挥官阿卜杜勒·拉希姆·纳希里在阿拉伯联合酋长国遭逮捕。他参与策划美军“科尔”号驱逐舰爆炸案和美国驻肯尼亚与坦桑尼亚使馆爆炸案。
2003年3月1日，“基地”3号头目、“9·11”恐怖袭击主谋之一哈立德·谢赫·穆罕默德在巴基斯坦落网。
同年8月14日，“基地”东南亚地区头目里杜安·伊萨姆丁(又名汉巴利)在泰国遭逮捕。他是2002年印度尼西亚巴厘岛爆炸案和2003年雅加达万豪大酒店爆炸案主谋之一。
2004年6月18日，“基地”在沙特阿拉伯的头目阿卜杜勒·阿齐兹-穆克林在沙特首都利雅得遭击毙。
2005年5月2日，“基地”3号头目兼巴基斯坦分支负责人阿布·法拉吉·利比在巴基斯坦西北部落网。
同年8月11日，“基地”在欧洲的“精神大使”阿布·盖塔达在英国遭逮捕。
2006年6月7日，“基地”伊拉克分支头目阿布·穆萨卜·扎卡维在巴格达北部死于美军空袭。
同年9月25日，“基地”东南亚地区头目奥马尔·法鲁克在伊拉克南部城市巴士拉遭英军击毙。他一年前从驻阿富汗美军巴格拉姆空军基地越狱，引起东南亚国家舆论哗然。
2008年7月29日，“基地”阿富汗地区头目之一阿布·莱斯·利比在巴基斯坦西北部死于美军空袭。他曾策划对驻阿美军一处空军基地实施自杀式爆炸袭击，时任美国副总统迪克·切尼当时正在那里访问。
2010年4月18日，“基地”伊拉克分支头目阿布·奥马尔·巴格达迪和军事指挥官阿布·阿尤布·马斯里在巴格达北部死于美国和伊拉克联合军事行动。
同年6月1日，“基地”3号头目、阿富汗地区军事指挥官穆斯塔法·阿布·耶齐德获证实死亡。
