日本新干线和各种电车虽以高效、准时、安全著称，但也发生过多起安全事故，甚至造成了重大伤亡。为保证事故调查的客观公正，日本充分利用立法手段，逐渐形成了一套较为完备的调查体制。
1971年7月，日本全日空一架飞机在岩手县上空与航空自卫队一架飞机相撞，自卫队员跳伞逃生，而全日空飞机上155名乘客和7名机组人员遇难。以此为教训，日本国会在1973年10月通过了《航空事故调查委员会设置法》。根据该法，日本政府次年在运输省内设置了航空事故调查委员会。
最初航空事故调查委员会只调查航空事故。铁道事故仍然和一般交通事故一样，基本上由警察进行搜查，只有出现重大事故的时候，才成立临时调查委员会。
但是调查铁路事故也需要调查铁轨与车轮的摩擦、司机与调度的判断、气象影响等，需要专业知识并听取专家的意见。1991年，日本滋贺县信乐高原铁道发生列车相撞事故，3节车厢出轨，造成42人死亡、527人受伤。2000年3月地铁日比谷线出现因脱轨而相撞的事故后，调查铁路事故的重要性受到重视。
为此，日本国会于2001年4月对《航空事故调查委员会设置法》进行了修改，改称《航空和铁道事故调查委员会设置法》。同年10月，航空事故调查委员会改组为航空和铁道事故调查委员会。
航空和铁道事故调查委员会属于国土交通省的审议会，负责科学分析、现场查证、听取有关人员的证词，为防止事故再次发生、提高安全性而向有关机构提出建议。委员会只基于公正和中立立场进行客观调查，不负责追究有关人员的责任。
铁道事故包括车辆脱轨、车辆相撞、车辆火灾等事故，还包括乘客和乘务员死亡、出现5人以上的死伤，以及存在重大隐患、有发生事故的危险等事态。直接承担调查任务的是委员会事务局内的事故调查官。铁路发生事故后，委员会会从事故调查官中指定负责人，由其负责到底。
调查官调查内容包括：要求事故有关人员汇报情况；进入事故现场和其他有必要的地点，检查相关物件；对相关人员进行问询；对相关物件的所有人或者保管人提出物件要求，或者暂时留存该物件；要求相关物件的所有人或者保管人保护该物件，禁止移动；禁止无关人员进入现场。
这些权限具有强制性，如果接受调查人员撒谎或者妨碍调查，将处以最高30万日元(约合人民币2.5万元)以下的罚款。经过调查，委员会将提交事故调查报告书，向当局提出劝告，但报告并没有强制力。
由于职员人数有限，委员会经常根据需要设立兼职的专门委员，要求其提供建议，辅助调查。专门委员虽然权限较小，但是可以检查调查官带来的物品并阅读调查报告。国土交通大臣也会向委员会提供必要的援助。
但是，当事故涉及“业务上过失致死罪”时，警察和检察院在没收证据物件和对相关人员进行调查时处于优势，航空和铁道事故调查委员会权限受到制约。因此，部分专家提议，为了更好地防止发生事故，应该将该委员会从国土交通省独立出来，改组为类似于美国国家运输安全委员会(NTSB)的拥有强大权限的机构。
2007年12月，国土交通大臣和总务大臣就设置运输安全委员会达成了协议。2008年4月，《运输安全委员会设置法》获得通过。10月，航空和铁道事故调查委员会改组为国土交通省的中央直属局运输安全委员会。运输安全委员会的权力得到了加强。
现在的运输安全委员会设有事务局、总务科、广报科(宣传科)、会计室，在地方还设有地方事务所。委员长和委员共计12名。运输安全委员会负责调查航空事故、铁道事故和船舶事故以及重大隐患的原因，根据调查结果要求有关人士采取必要措施，防止事故，减轻伤害。
12名委员中，专职7人，兼职5人。委员长和委员需获得国会两院的同意，由国土交通大臣任命，任期3年，可连任。航空业、铁道业、海运和港湾业人士无法担任委员长和委员。委员属于特别职务的公务员，不受《国家公务员法》限制。
如果委员与涉及事故的人拥有密切关系，将无法调查该事故，也无法出席有关会议。委员会可以从拥有丰富学识经验的学者中聘用兼职的专门委员，并委托独立行政法人和民间组织调查事故。
在严密的法律法规下，日本对铁路事故的调查特别精密，而且旷日持久。比如针对2005年发生的福知山线电车脱轨事故的调查直到今天还在进行。委员会经常举行研讨会，总结调查成果。国土交通大臣也经常为此举行记者招待会，说明调查进展。可以说，这种严密的调查机制成为日本交通安全的重要保障之一。(《半月谈》2011年第17期/驻东京记者 蓝建中)
