蓝藻污染就类似水体自己不断地给自己增加污染物。因此不能有效控制是滇池难清的根本原因。一边在治理，一边蓝藻在制造新的污染，这样的状况得不到根本改变，滇池水清只能是“有望”而已。
对比试验
那中元是云南省生态农业研究所所长，紫根水葫芦是以他为首的科研团队从2005年开始培育的。他说，滇池、太湖、巢湖三湖蓝藻污染，滇池最重，这也是他下决心在30年潜心研究基础上培育紫根水葫芦的动力。
记者随那中元来到原航天疗养院滇池边，一条一米来宽的田埂将一片水域隔成两个塘，一个投放普通水葫芦，一个投放紫根水葫芦，进行治理蓝藻及水污染的对比试验。
科研人员从一边的水里捞起一株普通水葫芦，柄长叶大，根为绿色或白色，没什么根系，还很容易发黑变臭，形成二次污染。再从另一边的水里捞起一株紫根水葫芦，柄叶小，根多紫红、紫黑，根系又长又密，能强吸附、抑制、降解蓝藻，能增水中溶氧，根须不会发臭。
那中元又让科研人员找来两个玻璃瓶提取水样，两边塘里各舀起一勺水注入瓶中，20天前蓝藻一般泛滥的滇池水立马分出高下，一瓶还含有绿茵茵的蓝藻，一瓶已清澈见底。
昆明市环境监测中心的报告显示，仅仅投放水葫芦20天左右，两个塘里的水质已由原来劣五类分别达到了接近国家地表水的三类、二类水质标准，紫根水葫芦更胜一筹，显现出明显的净化能力。
这样的对比示范生态农业研究所早在2009年8月就进行过两次。第一次是8月初，在滇池边西华湿地2.4亩水面投放了紫根水葫芦，三四天后，蓝藻大部被吸附到水葫芦根系上，水质明显变清，溶氧量增高，氮、磷等富营养物质明显减少。8月19日，经昆明市环境监测中心采样检验，水体总氮分别减少93.5%和92.3%，总磷分别减少95.2%和96%。第二次是9月18日，在海埂大坝旁索道下20亩湿地水面又投放了紫根水葫芦，也取得了类似的试验结果。
列入国家计划
紫根水葫芦是2008年培育成功的，那中元根据普通水葫芦的生长特性，利用作物基因表型诱导调控表达技术，有针对性地对普通水葫芦的特性加以诱导调控，使其具有十分发达的根系，能够吸附蓝藻并使其消亡，将水体变清。
紫根水葫芦最大优势是抑制叶柄，促根系片生长，叶柄只有普通水葫芦的约十分之一，阳光能从缝隙间射入水中，令根须茁壮，长成一柄能“缠住”蓝藻和其他污染物的“扫帚”，吸附蓝藻的能力变得特别强大。
不仅如此，紫根水葫芦的根部还能够分泌快速吸附并抑制产生蓝藻的物质，“吃掉”蓝藻。紫根水葫芦和普通水葫芦相比，根冠增多了近20倍，根系可达1米以上并木质化，不易腐烂。它的根系具有可供氧功能，净水功能大大提高，这是紫根水葫芦能够大面积治理水体的价值所在。
对滇池水治理的对比试验显示，经过约两周左右时间，严重污染的水体可以变为三类水质标准。经环保部门监测认定的这一结果立即引起了云南相关部门的关注，生态农业研究所提出的以紫根水葫芦进行滇池生态内源治污的建议，很快引起云南省委、昆明市委乃至国家有关部门的高度重视。
