这座小城的由来最早可以追溯到1892年的奥斯曼帝国时代，当时半农半牧的库尔德人在叙利亚的边境地带建立了一座小村庄。1912年伊拉克巴格达铁路通车后，途径叙利亚，在这个小村庄里设立了一个车站。根据出身于该城的叙利亚库尔德人政治家萨利赫.穆斯林.穆罕默德的介绍“科巴尼”这个名字是来自负责于当时建设铁路的德国公司的“公司”（Company，德语：Kompanie）这个词音译而来的。

当地时间2003年2月9日，一个伊拉克工人在清理巴格达火车站的壁画。